膽汁肝硬化鑒別診斷包括梗阻性黃疸，如總膽管結石、總膽管瘤、胰頭和膽管狹窄等，主要鑒別方法為膽道造影。應和下列疾病鑒別:　　1.慢性活動性肝炎　　凡抗線粒體抗體陽性，伴有膽淤和組織學上有膽管異常者，應首先除外慢活肝，我國慢活肝膽淤型較PBC多見，短期皮質激素治療的效果觀察有助于區別這兩種病。　　2.硬化性膽管炎　　此病少見，主要累和大膽管，上述免疫標志物陰性，且多有細菌感染性發熱，膽管系統造影可幫助鑒別。　　3.藥物引起的黃疸　　如氯丙嗪、甲基睪丸酮、磺胺、砷制劑等。多由個體過敏引起，有服藥史，在服藥后數周之內發病，黃疸可持續數年，常伴血嗜酸細胞增高，肝活檢沒有典型的PBC組織學表現。

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