多發性硬化一般不危及生命，除非病變位于延髓或高頸段脊髓，影響呼吸功能。大多數患者通過適當治療，可完全或部分恢復，但反復發作可導致肢體殘疾，影響患者的生活及工作。 部分患者因為腦部病變的因素以及精神壓力而出現抑郁癥，嚴重者可導致自殺。

多發性硬化的預后取決于藥物治療是否及時，是否給予康復治療，以及多發性硬化的分型。一般良性型復發次數少，病情完全或基本緩解，病程可在10年以上，而神經功能狀態仍然正常或輕殘。緩解復發型的特點是反復發作，部分或大部分緩解，緩解期可達數月，病情進展緩慢。一般發病的第一年復發的可能性最大。繼發進展型及原發進展型病情緩慢進展，致殘率高。