1、PNT　典型病例有血紅蛋白尿發作，易與再障鑒別。不典型病例，臨床主要為慢性貧血，外周血液中三系血細胞減少，骨髓也可增生減低，易被誤為再障。

2、MDS-RA　多數RA主要表現為慢性進行性貧血，偶有皮膚出血點，血象示全血細胞減少，網織紅細胞有時不增高，甚至降低，這些易與再障混淆。但RA以病態造血為特征，外周血顯示紅細胞大小不均，異形，偶見巨大紅細胞及有核紅細胞，單核細胞增多，可見幼稚粒細胞和巨大血小板。

3、急性白血病(AL)　特別是白細胞減少和低增生性AL可呈慢性過程，早期肝、脾、淋巴結未腫大，外周血全細胞減少，骨髓增生減低，易與再障混淆。仔細觀察血象及多部位骨髓象，可發現原始粒、單、或原始淋巴細胞明顯增多，骨髓活檢也有助于再障的鑒別診斷。

4、骨髓纖維化(MF)?慢性病例常有脾腫大，外周血可見幼稚粒細胞和核紅細胞，骨髓穿刺多次干抽，骨髓活檢顯示膠原纖維和(或)網狀纖維明顯增生。

5、惡性組織細胞病(MH)?常伴有非感染性高熱，進行性衰竭，肝、脾、淋巴結腫大，黃疸、出血較重，外周血全血細胞減少?？梢姰惓＝M織細胞，多部位骨髓檢查可找到異常組織細胞，常有吞噬現象。借此可與再障鑒別。

6、急性造血功能停滯?本病常在溶血性貧血或感染發熱的患者中發生，少數病例也可發生在缺鐵性貧血、營養不良性和妊娠貧血等。在上述疾病患者因某些誘因如感染，尤為病毒感染，使外周血三系細胞尤其是紅細胞驟然下降，網織紅細胞可降至零，骨髓三系減少，故與再障相似。

7、骨髓轉移瘤?骨髓中如有轉移瘤也可以導致造血功能降低，血象可顯示全血細胞減少，與再障相似。

8、單純紅細胞再生障礙　單純紅細胞再生障礙和再障在發病機制方面不同，前者主要影響紅系造血祖細胞，后者主影響多能造血干細胞，因此前者僅表現為單純紅系統再障。