肝臟氧化FA的能力有一定限度，酯化FA的能力無限，合成脂蛋白的能力也有一定限度，故脂肪肝的發病機理，可以由于：(1)FA氧化減少;(2)FA酯化為TG大量增加;(3)脂蛋白合成減少;或三者兼而有之。就營養失調性脂肪肝而言，主要與合成脂蛋白的Apo-B及磷脂的相對性或絕對性減少有關，茲分述如下。

1、膽堿或甲基供體相對性或絕對性不足：血漿中磷脂主要來源于肝臟，亦由肝攝取代謝，磷脂的成分主要為卵磷脂，次為腦磷脂。肝臟合成磷脂減少時，亦不能有效地合成脂蛋白。磷脂的基本結構式中有個乙醇衍化的基團，如此基團為膽堿，則構成磷脂酰膽堿即卵磷脂，如此基團為乙醇胺，則構成磷脂酰乙醇胺即腦磷脂。由上式可知：(1)膽堿缺乏時，卵磷脂合成減少;(2)磷脂酰乙醇胺可通過甲基化(-CH3)衍生為膽堿，絲氨脫羥基(-COOH)后再甲基化亦可形成膽堿。故缺乏甲基供體(如蛋氨酸或甲硫氨酸)時，可影響膽堿進而影響磷脂及脂蛋白的合成。動物實驗已表明：在飼料中加入乙醇胺或甲基供體的競爭物，或同時減少合成甲基所需的前體物質如葉酸、維生素B12等，均可致膽堿合成減少，誘發脂肪肝。

2、必需脂酸相對性或絕對性不足：磷脂中的脂酸多為不飽和的多烯脂酸，機體自身不能合成，必需由食物中攝入，故稱必需脂酸，如其攝入減少或吸收不良，則磷脂合成減少。膽固醇酯中的脂酸亦為多烯脂酸，故膽固醇可與磷脂競爭必需脂酸，長期進食高膽固醇膳食，如不相應增加必需脂酸供給，亦可導致磷脂合成減少及脂蛋白形成障礙。

3、合成Apo-B的氨基酸相對性或絕對性不足：長期低蛋白飲食，氨基酸攝入不足或吸收不良，缺乏合成Apo-B所需的氨基酸，如精氨酸、蘇氨酸、亮氨酸、異亮氨酸等，以致肝RER合成Apo-B減少。Apo-B分子結構具有疏水性和親水性基團，其非極性基團與疏水性較強的TG、膽固醇酯作用，構成脂蛋白的核心，其極性基團則作用于磷脂、膽固醇，構成脂蛋白的表層，可見Apo-B是連接脂質成分的樞紐，是構成脂蛋白的關鍵部分，由其所構成的脂蛋白，保證了TG轉運的穩定性與可溶性。一旦Apo-B生成不足，必然引起脂蛋白的形成障礙，以及TG在肝內的沉積;這種情況最常見于引起營養不良的有關疾病。