任何原由引起的肝內、外膽管疾病，導致膽汁淤積，皆可發展為膽汁性肝硬化。分原發性膽汁性肝硬化和繼發性膽汁性肝硬化。

膽汁性肝硬化分原發性膽汁性肝硬化(Primary Biliary Cirrhosis，PBC)和繼發性膽汁性肝硬化(Secondary Biliary Cirrhosis)。后者由肝外膽管長期梗阻引起。一般認為PBC是一種自身免疫性疾病，淋巴細胞被激活后，攻擊中、小膽管，導致炎癥反應。組織學上，頗似宿主對移植物的排斥反應。和肝臟同種移植的排斥反應有許多相似之處。臨床上，病情緩解和惡化交替出現，常伴有其他自身免疫性疾病，如干燥綜合征，系統性紅斑狼瘡，類風濕性關節炎和慢性淋巴細胞性甲狀腺炎等。體液免疫顯著異常，抗線?？贵w陽性率達90%～100%，80%患者其滴度大于1:80，有人在研究PB C時，甚至把抗線粒體抗體陽性作為病例納入標準。部分患者尚有抗核抗體、類風濕因子、甲狀腺抗體等，這些抗體和相應抗原可形成大的免疫復合物，通過補體系統引起免疫損傷。

肝臟腫大，呈淡綠色，表面平滑或呈現出細顆粒狀，質地堅硬。組織損傷，大致呈如下過程:有淋巴細胞，漿細胞浸潤，IgM和免疫復合物沉積，是肉芽腫的成因。膽汁返流、膽管損傷和膽管周圍炎癥，導致膽管破壞和小膽管增生，匯管區周圍炎癥和瘢痕形成合分隔形成，周邊區淤膽和銅、鐵沉積，進一步損傷肝細胞，纖維變伸展，最終導致肝硬化。依據PBC的發生發展過程，將PBC的病理變化分為4期。

第一期，膽小管炎期，其特征為肝小葉間膽管或中隔膽管的慢性非膿性炎癥，膽小管管腔、管壁和其周圍有炎性細胞浸潤。主要為淋巴細胞、漿細胞。匯管區因炎性細胞浸潤而擴大，并有肉芽腫變，但肝細胞和界板正常。

第二期，膽小管增生期，膽小管由于慢性炎癥的進行性破壞，代之以纖維組織，多數匯管區難以發現小葉間膽管，但有不典型小膽管增生，此期仍可見肉芽腫。肝小葉周圍毛細膽管極度擴張，含濃縮膽栓，毛細膽管破裂，形成膽糊，其周圍肝細胞腫脹，胞漿疏松呈透亮網狀，即羽毛樣變性。

第三期，瘢痕形成期，匯管區膠原含量增多而炎性細胞和膽管減少，偶見淋巴濾泡伴生發中心，中等大小匯管區纖維化最著，肉芽腫不常見，纖維分隔自匯管區向另一匯管區伸展，或向肝小葉延伸，由于碎屑樣壞死的并存以和淤膽，鐵、銅的沉積，引起肝細胞損傷，以致界板模糊不清。

第四期，肝硬化期，匯管區纖維隔互相擴展和連接，分割肝小葉形成假小葉，可見再生結節，一般為小結節性肝硬化，也可呈不完全分隔性，假小葉中央有壞死。